Гордон Фримен родился в Сиэтле, штат Вашингтон. С ранних лет он интересовался квантовой механикой и теорией относительности; его кумирами были Эйнштейн, Хокинг и Фейнман. В конце 90-х годов, будучи приглашённым студентом в Инсбрукском университете, Гордон присутствовал на ранних экспериментах по телепортации, проводимых Институтом экспериментальной физики. С тех пор практическое применение телепортации становится страстью молодого физика. В 1999 году Фримену была присвоена учёная степень доктора наук (PhD) Массачусетским технологическим институтом (MIT) за работу, названную «Наблюдение запутанности Эйнштейна-Подольского-Розена на супраквантовых структурах при индукции через нелинейный трансурановый кристалл импульса сверхдлинных волн (СДВ) от исходного набора с синхронизацией мод»[1].
Принимая участие в академических исследованиях Инсбрукского университета, Гордон был разочарован их медленными темпами развития и недостаточным финансированием. Охваченный своей мечтой, учёный ищет работу вне образовательных учреждений, и удача улыбнулась ему. Бывший наставник Фримена в MIT, доктор Айзек Кляйнер, взялся за секретный проект в Исследовательском центре «Чёрная Меза» и искал талантливых помощников. Учитывая источники и размеры финансирования, Фримен подозревал, что в центре ведутся разработки новых вооружений. Но, несмотря на опасения, учёный принял предложение работы, надеясь, что мирное применение технологиям также будет найдено[1].
Фримен получил должность научного сотрудника в лаборатории аномальных материалов с уровнем доступа 3. Для проживания учёному была предоставлена квартира в общежитии исследовательского центра. Прежде чем герой приступил к своим обязанностям, он проходил курс подготовки по использованию специального защитного костюма H.E.V. (см. далее)[2].
Мало что известно о работе Фримена в «Чёрной Мезе» до событий Half-Life. В Half-Life 2: Episode One Аликс Вэнс, комментируя умение Гордона быстро перемещаться по вентиляционным шахтам, пересказывает историю, которую ей поведал доктор Кляйнер. Фримен и его приятель, охранник Барни соревновались, кто быстрее попадёт внутрь кабинета рассеянного профессора после того, как тот потерял ключ от двери в свой кабинет[3].
В начале игры Half-Life упоминается, что Гордону 27 лет[4]. В письме администрации отмечено, что Фримен не состоит в браке и не содержит иждивенцев[2]. Однако, если в начале игры зайти в раздевалку учёных и заглянуть в шкафчик с фамилией Freeman, то в нём обнаружится фотография маленького ребёнка.
Согласно Half-Life 2: Raising the Bar, документальной книге Valve о создании этой игровой вселенной, имя Гордону Фримену дано в честь Фримена Дайсона. А в ранней версии сценария Гордон был известен как «Иван — Космобайкер», с большой бородой, которая была позже обрезана в эспаньолку[1].