Надо юзать glMatrixMode:
Код
glMatrixMode(GL_PROJECTION);
glLoadIdentity();
gluPerspective(...); //перспективная проекция
glMatrixMode(GL_MODELVIEW);
glLoadIdentity();
//рисуем 3д
...
glMatrixMode(GL_PROJECTION);
glLoadIdentity();
gluOrtho2D(...); //ортографическая проекция
glMatrixMode(GL_MODELVIEW);
glLoadIdentity();
//рисуем 2д