В положение по x и y нужно написать: 
 Для x: 
 Код
Screen.width/2-"ширина кнопки/2"
 Для y: 
 Код
Screen.height/2-"высота кнопки/2"
 Ну и отнимай/прибавляй по высоте/ширине нужное тебе кол-во пикселей, чтобы они все были не в одной и той же точке. 
 Для твоего кода можно попробовать так: 
 Код
 
   function OnGUI () {   
        // Make the first button. If it is pressed, Application.Loadlevel (1) will be executed   
        if (GUI.Button (Rect (Screen.width/2-130/2+50,Screen.height/2-50/2+70,130,50), "Restart")) {   
         Application.LoadLevel (1);   
        }   
        // Make the second button.   
        if (GUI.Button (Rect (Screen.width/2-130/2+300,Screen.height/2-50/2+70,130,50), "main menu")) {   
         Application.LoadLevel(0);   
        }   
   }